医療法人設立の流れ｜認可申請から設立後の届出まで

はじめに

医療法人設立は、株式会社のように法務局へ設立登記を申請するだけで完了する手続きではありません。

医療法人を設立するためには、主たる事務所の所在地を管轄する都道府県知事の認可を受け、その後に法人設立登記を行う必要があります。

さらに、個人診療所を医療法人へ移行する場合は、法人設立後に、保健所への法人診療所の開設許可申請、個人診療所の廃止届、法人診療所の開設届、厚生局への保険医療機関指定申請などを適切な順序で進めます。

都道府県ごとに申請時期、事前審査、提出方法等が異なるため、法人として診療を開始したい時期から逆算した準備が必要です。

この記事では、医療法人化の検討から法人診療開始までの一般的な流れと、各段階で注意すべき点を解説します。

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医療法人設立の全体的な流れ

一般的な医療法人設立は、次の順序で進みます。

1. 医療法人化の目的と実現可能性の検討
2. 所管行政庁と申請日程の確認
3. 社員・役員・拠出財産等の設立内容の決定
4. 必要資料の収集と申請書類の作成
5. 設立時社員総会の開催
6. 事前審査・補正対応・本申請
7. 設立認可と法人設立登記
8. 法人診療所の開設許可申請
9. 個人診療所の廃止・法人診療所の開設
10. 厚生局その他の関係機関への手続き

実際の順序や必要書類は、都道府県、保健所、厚生局の取扱いや診療所の状況によって異なる場合があります。

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STEP1　医療法人化の目的と実現可能性を検討する

まず、なぜ医療法人化するのかを整理します。

例えば、次のような目的が考えられます。

• 分院の開設を検討している
• 将来の事業承継に備えたい
• 経営と個人財産を分けたい
• 医療従事者の採用や組織運営を強化したい
• 退職金制度等を含めた長期的な経営体制を整えたい

ただし、医療法人化すれば、必ず節税になるわけではありません。

法人化後は、社会保険、税務申告、毎年の事業報告書等の届出、役員変更、登記などの継続的な負担も発生します。

行政手続だけでなく、税理士等による税額・社会保険料・役員報酬等の試算も踏まえて判断することが重要です。

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STEP2　所管行政庁と申請日程を確認する

医療法人設立認可申請の窓口は、原則として主たる事務所の所在地を管轄する都道府県です。

都道府県によって、次の点が異なります。

• 設立認可申請の受付時期
• 事前相談や説明会の有無
• 仮申請・予備審査・事前審査の方法
• 面接の有無
• 提出方法・提出部数
• 使用する様式
• 認可書が交付される時期

例えば、東京都では通常、年2回の受付日程が設定されています。

千葉県では、説明会への出席や事前審査が必要とされるなど、都県によって進め方が異なります。

希望する法人診療開始日があっても、申請回を逃すと、開始時期が半年程度以上遅れる可能性があります。まず申請日程を確認し、そこから逆算して準備を始めます。

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STEP3　医療法人の設立内容を決める

申請書類を作成する前に、医療法人の基本事項を決定します。

主な検討事項は次のとおりです。

• 医療法人の名称
• 主たる事務所の所在地
• 法人が開設する診療所の名称・所在地
• 社員の構成
• 理事・監事・理事長の候補者
• 役員の定数
• 基金制度を採用するか
• 法人へ拠出する財産
• 法人へ引き継ぐ借入金
• 医療機器等のリース契約
• 診療所物件の取扱い
• 法人診療開始予定日
• 設立後の事業計画・予算

ここで決めた内容は、定款、社員総会議事録、事業計画書、予算書、財産目録等へ反映されます。

途中で一つの事項を変更すると、複数の書類を修正しなければならない場合があるため、申請書類の作成前に基本方針を整理することが大切です。

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STEP4　必要資料を収集して申請書類を作成する

設立内容が固まったら、必要資料を収集し、申請書類を作成します。

院長先生側で準備する主な資料

• 医師・歯科医師免許証の写し
• 役員・社員の印鑑登録証明書
• 預金残高証明書
• 診療所物件の賃貸借契約書
• 土地・建物の登記事項証明書
• 医療機器等の契約書・請求書・領収書
• 借入金の契約書・残高証明書・返済予定表
• リース契約書
• 個人診療所の確定申告書・決算関係資料
• 診療報酬等の決定通知書
• 診療所の平面図・周辺図等

作成する主な申請書類

• 医療法人設立認可申請書
• 定款
• 設立趣意書
• 設立時社員総会議事録
• 事業計画書
• 予算書
• 財産目録・財産目録明細書
• 設立時の負債内訳書
• リース物件一覧
• 役員・社員等の名簿
• 就任承諾書・履歴書等

必要書類は、診療所物件、拠出財産、借入金、リース契約等の状況によって変わります。

詳しくは、次の記事で解説しています。

医療法人設立に必要な書類とは？

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STEP5　設立時社員総会を開催する

社団医療法人を設立する場合は、設立時社員総会を開催し、設立に必要な事項を決議します。

一般的には、次のような事項を決議します。

• 医療法人を設立すること
• 定款の承認
• 社員の確認
• 役員の選任
• 拠出財産・基金に関する事項
• 事業計画・予算の承認
• 設立代表者の選任
• その他、設立に必要な事項

社員総会議事録は、実際に決議した内容を記録する書類です。

定款、役員名簿、財産目録、事業計画書、予算書等と内容が一致している必要があります。

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STEP6　事前審査・補正対応・本申請を行う

都道府県によっては、正式な設立認可申請の前に、仮申請、予備審査、事前審査などが行われます。

行政庁は、提出書類について、主に次のような事項を確認します。

• 社員・役員の構成
• 診療所物件の使用関係
• 拠出財産の内容
• 借入金・リース契約の取扱い
• 事業計画と予算の整合性
• 法人設立後の運営可能性
• 定款その他の書類の適法性・整合性

審査の過程で、説明、資料の追加、書類の補正等を求められることがあります。

必要な補正を行い、行政庁の案内に従って本申請を提出します。

申請書類を提出すれば必ず認可されるわけではありません。申請内容や審査結果によっては、計画の変更や次回申請への延期が必要になる可能性もあります。

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STEP7　設立認可を受けて法人設立登記を行う

審査と医療審議会への諮問等を経て、設立が認可されると認可書が交付されます。

認可を受けただけでは、まだ医療法人は成立していません。

認可後、拠出金の払込みその他の設立に必要な手続きを完了し、主たる事務所の所在地を管轄する法務局で法人設立登記を行います。

医療法人は、設立登記をすることによって成立します。

登記申請は司法書士へ依頼することが一般的です。登記期限があるため、認可前から司法書士と必要書類や日程を確認しておくとスムーズです。

設立登記完了後は、登記事項証明書を取得し、都道府県へ設立登記に関する届出を行います。

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STEP8　法人診療所の開設許可を受ける

医療法人が診療所を開設する場合は、原則として、診療所の所在地を管轄する保健所へ開設許可申請を行います。

個人の医師・歯科医師による診療所開設とは異なり、医療法人による開設には事前の許可が必要です。

保健所では、一般的に次のような事項を確認します。

• 開設者である医療法人の登記事項
• 管理者
• 診療所の名称・所在地
• 診療科目
• 構造設備
• 従業者
• 定款に記載された診療所との一致

保健所ごとに事前相談の時期や提出書類の取扱いが異なる場合があります。法人診療開始予定日から逆算して、早めに管轄保健所へ確認する必要があります。

病床を有する診療所や病院では、開設許可後に使用許可等の手続きが必要になる場合があります。

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STEP9　個人診療所を廃止し、法人診療所を開設する

開設許可を受けた後、予定日に個人診療所から法人診療所へ開設主体を切り替えます。

一般的には、保健所へ次の届出を行います。

• 個人診療所の廃止届
• 法人診療所の開設届
• エックス線装置等に関する届出
• その他、診療所の状況に応じた届出

開設届と廃止届は、開設・廃止後の法定期間内に提出します。

ただし、提出時期や同時に必要となる書類は自治体によって異なるため、管轄保健所へ事前に確認します。

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STEP10　厚生局その他の関係機関へ手続きを行う

保険診療を継続するためには、管轄の地方厚生局へ保険医療機関の指定申請を行います。

個人診療所と法人診療所は開設者が異なるため、個人診療所の指定が、そのまま当然に医療法人へ引き継がれるわけではありません。

法人化に伴って遡及指定が認められる場合がありますが、要件や提出期限があります。遡及指定を当然のものと考えず、事前に管轄の厚生局へ確認することが重要です。

必要に応じて、施設基準等の届出についても確認します。

このほか、次の機関や契約先への手続きが必要になる場合があります。

• 税務署
• 都道府県税事務所
• 市区町村
• 年金事務所
• 労働基準監督署
• ハローワーク
• 金融機関
• リース会社
• 診療所物件の賃貸人
• 電気・ガス・水道・通信会社
• 医師会その他の関係団体
• 医薬品・医療材料等の取引先

法人診療開始日の前後には、多数の手続きが集中します。手続きの漏れや順序の誤りを防ぐため、担当者と期限を一覧化して進行管理することをおすすめします。

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医療法人設立で特に注意したい5つのポイント

1．「法人設立日」と「法人診療開始日」は異なります

設立登記をした日が、医療法人の成立日です。

一方、法人診療所として診療を開始するには、保健所や厚生局等への手続きが必要です。設立登記が終わっただけで、直ちに法人として保険診療を開始できるわけではありません。

2．申請受付時期を逃すと設立が大幅に遅れます

設立認可申請の受付は、随時行われているとは限りません。

希望する申請回に間に合わなければ、次回の受付まで待つ必要があります。法人診療開始を希望する時期から逆算して準備しましょう。

3．賃貸借・借入金・リース契約は自動的に移りません

個人診療所から医療法人へ移行しても、個人名義の契約が当然に法人名義へ変更されるわけではありません。

賃貸人、金融機関、リース会社等の承諾が必要になる場合があります。

4．保険医療機関指定の期限を確認します

法人診療開始日から保険診療を途切れさせないためには、厚生局の提出期限と遡及指定の要件を事前に確認する必要があります。

取扱いが変更されることもあるため、申請時点の最新情報を確認します。

5．設立後も継続的な手続きがあります

医療法人は、設立して終わりではありません。

毎会計年度終了後の事業報告書等の届出、経営情報等の報告、役員変更、登記事項変更、定款変更等の手続きが継続的に発生します。

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よくあるご質問

医療法人化を決めていなくても相談できますか

はい。法人化を決定する前でもご相談いただけます。

行政手続のスケジュールや必要となる準備を確認したうえで、税理士等による税務・社会保険面の試算も踏まえて判断することをおすすめします。

医療法人の設立にはどのくらいの期間がかかりますか

都道府県の申請時期や審査日程によって異なります。

準備開始から法人診療開始まで半年以上かかることも珍しくありません。希望時期がある場合は、できるだけ早めに相談することが重要です。

設立登記が完了すれば法人として診療できますか

設立登記によって医療法人は成立しますが、法人診療所として診療を開始するためには、保健所への開設許可申請・開設届や、厚生局への保険医療機関指定申請等が必要です。

司法書士や税理士が決まっていても依頼できますか

はい。院長先生が既に依頼している司法書士や税理士と連携して進めることも可能です。

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